W systemie NAZCA, z powodu jego wysokiej elastyczności i oferowanej swobody działania użytkownika, można doprowadzić do sytuacji niepożądanych. Od zawsze oprogramowanie zawiera mechanizmy diagnostyczne, ułatwiające rozpoznanie przyczyn nieoczekiwanego zachowania się systemu, a aktualnie zostało dodane nowe - służące do diagnostyki działania kontrolera logiki. Scenariusze, które można za jego pomocą wykryć, to na przykład zadziałanie pętli sprzężenia zwrotnego, czy nieoptymalnie skonstruowane Węzły Swobodnie Definiowane. W rękach świadomego użytkownika pozwala ono zoptymalizować i doszlifować działanie systemu do poziomu zapewniającego odpowiednią wydajność i wysoką stabilność.